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渔业资源调查中eDNA的采样设备选择及PCR分析

 发布时间:2022-08-06 点击量:266



一:eDNA采样硬件选择  


       在鱼类资源调查中,国际上普遍认可的专业采样设备为美国Smith公司生产的多通道水体基因采样器便携式eDNA采样器。


可参阅文献:


eDNA Sampler: A fully integrated environmental DNAsampling system



 

背景图.jpg

                               多通道水体基因采样器

eDNA Citizen图片.jpg









                              便携式eDNA采样器


设备优势


1、可记录采样点流速、GPS、温度等信息

2、内置计算机,可导出采样日志、为每个样品标注采样编码

3、采样饱和后具有震动反馈功能,可设置定量采水

4、具备远程蓝牙遥控采水功能

5、可进行多通道的同步采样

6、自封滤膜(技术):采用合成树脂材料自动对样本进行脱水处理,使DNA信息能在室温下保存90天不降解(传统采样方式需要对样品进行乙醇加注、冷冻、防腐等措施,费时费力,往往会在采样点浪费大量时间)

①降低污染——传统样品处理方式需要现场对样品进行防腐处理,会增加污染可能。

②提高DNA含量——与传统使用乙醇相比,检测到的DNA含量是其2倍。

③提高效率——现场无需准备乙醇及缓慢的过滤工作,无需准备冷冻措施低温保存样品,即便是没有相关从业经验的人员即可快速上手实现标准化的采样工作。

 


设备标配自封滤膜套装self-preserving packs——封装后即可邮寄至我司合作实验室分析


自封式滤膜构成.jpg



二:样品(q)PCR分析并出具报告


       样品分析由上海蔚雨科技有限公司合作实验室进行分析,用户所使用的滤膜必须为厂家提供的自封式滤膜,邮寄至厂商接收点(常温、无需使用乙醇等固定液),2周内即可获取结题报告。


自封式滤膜可参阅文献:

A self‐preserving, partially biodegradable eDNA filter

 


 

1、流程



环境DNA提取——设计合成引物接头——PCR扩增产物纯化——PCR产物定量均一化——测序文库构建——高通量测序——生成报告



2、样品报告包括但不限于:


1、物种多样性统计
2、物种组成分析
3、群落比较分析
4、捕捞数据一致性分析